Génomique comparée

(page mise à jour : février 2018)

  • Contenu :
    • Lors de cette UE, nous sommes très autonomes, chacun code, échange, papote sur comment faire et sur ses résultats obtenus. L’objectif n’est pas que chacun ait un script parfait, mais que chacun ait compris pourquoi on fait cela, quelles sont les étapes cruciales, les éléments importants qui vont influencer l’analyse.
    • But du jeu : analyser l’évolution de différents génômes bactériens. On va donc évaluer le core et pan génome. Nous avons donc à gérer une grande quantité de données (les données issues du séquençage de ces génomes) et nous devons réaliser un pipeline complet afin d’obtenir le core et le pan genome. À la fin il faut être capable d’interprêter et analyser les résultats (comprendre ce qu’il se passe). On peut coder en Perl ou Python comme on préfère, on a besoin de R pour la partie graphique, et un peu de Bash.
  • Évaluation :
    • Examen oral avec 2 questions à piocher :
      • une question se rapportant au projet tous ensemble tout au long des séances
      • une question “d’ouverture” guidée, afin de nous mettre dans un contexte de recherche
  • Enseignants :

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